A Monitoring Bizottság a HOP végrehajtásának hatékonyságát és minőségét ellenőrző tevékenységet látja el. A Monitoring Bizottságot az IH jelölte ki a HOP jóváhagyásától számított három hónapon belül, a feladatok végrehajtásának módszereit és szabályait maga a MB határozta meg.
A 1198/2006/EK rendelet 65. cikkének megfelelően a MB a következő feladatokat látja el:
- A HOP jóváhagyásától számított hat hónapon belül megvizsgálja és jóváhagyja a finanszírozott műveletek kiválasztási kritériumait;
- Jóváhagyja ezen kritériumoknak a programozási igények szerinti bármely felülvizsgálatát;
- Az irányító hatóság által benyújtott dokumentumok alapján rendszeres időközönként felülvizsgálja az operatív program konkrét céljainak megvalósítása felé tett előrelépést;
- Megvizsgálja a végrehajtás eredményeit, különösen az egyes prioritási tengelyek mentén kitűzött célok elérését, valamint a HOP időközi (interim) értékelésének eredményeit;
- Megvizsgálja és jóváhagyja a HOP végrehajtására vonatkozó éves- és zárójelentéseket, mielőtt azokat a Bizottság számára elküldenék;
- Tájékoztatást kap az éves ellenőrzési jelentésről és a Bizottság esetleges vonatkozó megjegyzéseiről, amelyeket az említett jelentés vizsgálata alapján tett;
- A tagállam kezdeményezésére a monitoring bizottságot tájékoztatni lehet az EHA Rendelet 16. cikkének (1) bekezdésében említett, a Bizottságnak írásban benyújtott információkról;
- Az irányító hatóságnak javasolhatja az operatív program bármely esetleges felülvizsgálatának vagy vizsgálatának szükségességét;
- Megvizsgálja és jóváhagyja az EHA-ból származó hozzájárulásról szóló Bizottsági határozat tartalmának módosítását célzó javaslatokat.
A monitoring és értékelési tevékenységek ellátására külön titkárság működik az IH szerepkörét betöltő osztályon (VM Erdészeti, Halászati és Vadászati Főosztály, Halgazdálkodási és HOP Irányító Hatósági Osztály) belül. Ez az osztály felel a HOP kitűzött céljai és a megvalósítás során elért eredmények összehasonlításáért, az éves jelentések elkészítéséért, továbbá a monitoring bizottsági ülések megszervezéséért. A HOP MB tagjai között megtalálható mindkét halászati szakmai szervezet, különböző érdekképviseletek, kormányhivatalok. Az MB évente kétszer ülésezik.